Yeni Serratia fonticola türünün fungisit direnci geliştiren Botrytis cinerea'ya karşı inhibisyon etkisinin ve metagenomiks verisinin araştırılması

Abstract

Botrytis cinerea, ekim alanları ve örtü altı tarım faaliyetlerinde kullanılan fungusitlere karşı hızla dayanıklılık gösterebilen ve genetik yapısını kısa sürede değiştirebilen bir bitki patojenidir. Biyokontrol ajanlarının patojen büyümesi üzerindeki inhibe edici etkisinin yanı sıra, çevre ve insan sağlığı için zararlı olan toksik kimyasalların olumsuz etkilerini de azaltabilirler. Fungusit uygulaması yapılan sera alanlarından toprak örnekleri alınmış ve bakteri örnekleri izole edilmiştir. İzolatlar gram boyama ve çizgi ekim yapılmış, 2 gün inkübasyon sonrası sırasıyla fenol ve Botrytis cinerea'ya ait spor süspansiyonu uygulaması yapılmıştır. Uygulama sonucu spor gelişimini kısıtlayıcı bakteri örnekler gözlenmiştir. Yüksek antibiosis etkisine sahip bakteri örnekleri çift-katlı agar bio-assay yöntemi ile denenmiştir. En yüksek ve kararlı baskılama gösteren örnek belirlenerek spektrofotometrik ölçümler ile OD.: CFU/ml grafiği oluşturulmuştur. Farklı konsantrasyonlarda bakteri örneklerinde çift-katlı agar denemesi kurulmuş, MIC konsantrasyonu ve inhibisyon yüzdeleri (%) istatiksel olarak hesaplanmıştır. Elde edilen verilere kontrol grubuna karşın 3 günlük inokülasyon sonucu %85 , 10 günlük inokülasyon sonucu %65 baskılama değerleri ölçülmüştür. Bakteriyel tür, 16s rRNA'ya dayalı metagenomik analiz ile Serratia fonticola olarak tanımlandı. KEGG yol veri tabanını kullanan karşılaştırmalı analizimiz ve patojen büyümesinde baskılayıcı rol oynayan enzimleri kodlayan genlerin sınıflandırılması, etkili biyopreparat bileşimin hazırlanması ve in vivo deneylerde daha fazla uygulanması için yeni bilgiler sağlayacaktır.