Show simple item record

dc.contributor.authorSayitoğlu, Müge
dc.date.accessioned2020-08-13T07:41:45Z
dc.date.available2020-08-13T07:41:45Z
dc.date.issued2020
dc.identifier.citationSayitoğlu M., "Whole Genome Rna Sequencing Analysis Algorithm İn Leukemia Model", Sağlık Bilimlerinde İleri Araştırmalar Dergisi , Vol.3, Pp.26-34, 2020
dc.identifier.issn2651-4060
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/20.500.12627/676
dc.description.abstractRNA Dizileme teknolojisi gen anlatım farklılıkları ve kodlayan bölgedeki varyasyonlar, kodlama yapmayan küçük RNAların anlatımları ve gen füzyonlarının belirlenmesi ile bu farklılıkların nedenlerini sunabilmektedir. Ancak bu kadar enformatik bilgiler sunabilen bu teknolojinin analizlerinin yapılması ve yorumlanması oldukça zorludur. T- hücreli akut lenfoblastik lösemi (T-ALL) de prognostik öneme sahip ve hastalığın takibinde kullanılabilecek güvenilir bir genetik belirteç bulunmamakla birlikte, doğrudan tedavi protokolünü ve tedavide yararlanılacak yeni hedef proteinleri belirlemede esas olacak moleküler alt yapı ve sınıflandırma da bilinmemektedir.</span></p><p><span style="font-size: 8pt; font-family: MinionPro; font-weight: 700;">Gereç ve Yöntem:&nbsp;</span><span style="font-size: 8pt; font-family: MinionPro;">Biz de bu çalışmamızda, T-ALL gibi karmaşık bir genomik arka plana sahip lösemi hücrelerinde RNA-dizileme için en uygun enformatik iş akış algoritmasını oluşturmayı amaçladık. Bu çalışmada RNA dizileme ile Jurkat ve Molt 4 hücre hatları dizilenmiştir. Doğrulama ve karşılaştırma amacıyla açık veri bankalarından elde edilen sağlıklı timosit alt grupları ve T-ALL hasta (n=12) örnekleri (GSE48173) kullanılmıştır.&nbsp;</span><span style="font-size: 8pt; font-family: MinionPro; font-weight: 700;">Bulgular:&nbsp;</span><span style="font-size: 8pt; font-family: MinionPro;">Açık erişimli veri araçları ile gerçekleştirdiğimiz enformatik analizlerde doku spesifik alternatif kırpılma ürünlerinin kantitatif tayinini, spesifik gen varyasyonlarını ve global gen anlatım düzeylerini başarılı bir şekilde tespit ettik ve T-ALL hasta verisinde aynı yaklaşımları kullanarak doğrulama yaptık.</span></p><p><span style="font-size: 8pt; font-family: MinionPro; font-weight: 700;">Sonuç:&nbsp;</span><span style="font-size: 8pt; font-family: MinionPro;">Çalışmamızın sonucunda lösemi hastalarının veri analizinde kullanılabilecek uygun araçlar ve algoritma belirlenmiştir.<br></span></p></div></div></div>
dc.language.isotur
dc.subjectMultıdıscıplınary Scıences
dc.titleLösemi Modelinde Tüm Genom RNA Dizileme Analiz Algoritması Geliştirilmesi
dc.typearticle
dc.contributor.departmentAziz Sancar Deneysel Tıp Araştırma Enstitüsü,Genetik Ana Bilim Dalı
dc.contributor.authorID0000-0002-8648-213X
dc.identifier.volume3
dc.identifier.issue2
dc.identifier.startpage26
dc.identifier.endpage34


Files in this item

Thumbnail

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record